Der Iriomote-Ishigaki-Nationalpark umfasst von den Yaeyama-Inseln, die an der südlichsten Spitze der Ryukyu-Inseln liegen, die Inseln Iriomote und Ishigaki, die Sekisei-Korallenriffe zwischen diesen beiden Inseln, die anderen Inseln zwischen den Riffen sowie Hatoma und Hateruma samt Umgebung. Subtropische Wälder bedecken 90 % von Iriomote und man trifft hier neben anderen seltenen Tieren auf die Iriomote-Katze und die Schlangenweihe. Am zentral-nördlichen Punkt von Ishigaki befindet sich der Berg Omoto, die höchste Erhebung Okinawas. Um ihn herum erstrecken sich tropische Wälder. Die Gewässer beheimaten außerdem die Sekisei-Korallenriffe, die größten Korallenriffe Japans, sowie viele andere Naturräume. Es gibt insgesamt zwanzig Zonen, die als Bestandteile des Parks ausgewiesen sind.