De l’archipel Yaeyama, à la pointe sud des îles Ryukyu, le parc national d’Iriomote-Ishigaki comprend les îles d’Iriomote et d’Ishigaki, le récif corallien de Sekisei situé entre ces deux îles, les autres îles du lagon, l’île d’Hatoma et l’île d’Hateruma et ses environs. La forêt subtropicale couvre 90 % de l’île d’Iriomote et parmi les espèces rares présentes, on trouve le chat d’Iriomote et le serpentaire bacha. Situé au centre-nord de l’île d’Ishigaki, le mont Omoto est le point culminant d’Okinawa. Il est entouré de forêts tropicales. Le littoral abrite également le lagon de Sekisei, le plus grand récif corallien du Japon, et de nombreux autres écosystèmes. Vingt zones sont désignées comme des parties du parc.