이로모테-이시가키 국립공원은 류큐 섬 남쪽 끝에 있는 야에야마 섬, 이로모테 섬, 이시가키 섬을 아우르는 규모의 공원입니다. 세키세이 산호초가 하토마 섬과 하테루마 섬, 그리고 그 주변 사이에 분포하고 있습니다. 아열대성 숲이 이로모테 섬의 90%를 뒤덮고 있으며, 희귀한 동물군이 존재하는데 그 중에서도 이로모테 고양이와 관수리가 이곳에서 발견됩니다. 이시가키 섬 북쪽 중앙에는 오키나와에서 가장 높은 산인 오모토 산이 있이 있으며, 주변으로는 열대성 숲이 뻗어 있습니다. 주변 수역은 다양한 자연 환경과 함께, 일본 최대의 산호초 지역인 세키세이 산호초가 서식하는 곳이기도 합니다. 총 20군데의 구역이 공원으로 지정되어 있습니다.