西表石垣國立公園涵蓋了琉球群島最南端的八重山群島，西表島、石垣島、位於石垣島和西表島之間的石西礁湖、珊瑚礁之間的其它島嶼、鳩間島、波照間島以及其附近地區。西表島有 90% 是亞熱帶森林，在這裡可以看到西表山貓、大冠鷲以及其他稀有動物。於茂登岳位在石垣島的中央北端，是沖繩縣最高山。四周圍繞著熱帶森林。這裡的水域也是日本最大珊瑚礁石西礁湖的所在地，還有其它自然環境。公園總共有二十個指定區域。